最高權力機構：會員代表大會
理事會：會員代表大會的執行機構，領導協會開展日常工作，由中國飲料行業、企業界相關部門的專家、企業家、管理人員組成，由會員代表大會推薦選舉產生，至今為第六屆。
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張金澤 |
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王洪濤、車軍峰、方軍濤、仲兆敏、慶立軍、李濤、鄒宗鳳、鄒春義、張偉通、張建弢、陸明、陳敏君、林木勤、周力、宗馥莉、趙波、郝利年、鐘廷毅、姚奎章、黨建、蔣建琪、辜天江、鞠新艷 |
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程毅 |
辦事機構：中國飲料工業協會秘書處，在會員代表大會閉幕以后，執行理事會決議，主持和創造性地開展日常工作。內設黨支部，綜合部，行業發展部，信息部，標準質量部，技術部，會員部，產業鏈部，財務部。
分支機構：包裝飲用水分會、天然礦泉水分會、袋裝水專業委員會、果蔬汁分會、咖啡和茶飲料專業委員會、蛋白飲料分會、固體飲料分會、功能飲料分會、碳酸飲料分會、供應商分會及技術工作委員會。
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